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Black Mesa comenzó como una respuesta de los fans ante el descontento que provocó Half-Life: Source. Según sus programadores, Black Mesa: Source nace bajo la premisa de que Half-Life: Source no hace justicia al original. Black Mesa se propone reconstruir el título original, añadiendo escenarios, modelos y habilidades. Actualmente, el juego finaliza antes del capítulo de Xen, el cual sigue en desarrollo por los miembros del equipo de desarrollo.

El 5 de mayo de 2015 fue publicado en Steam la versión anticipada de Black Mesa, la cual incluye pulición de mapas, regrabaciones de las voces, cambios en el motor gráfico y también fue añadido un modo multijugador con dos modos distintos de juego: duelo a muerte y duelo a muerte por equipos.

Según los desarrolladores, al público con ansia de la parte faltante de la campaña de Black Mesa, les disgutó la idea de poner un precio a una versión incompleta del juego, y es que los desarrolladores se han quedado sin recursos, y esto conlleva a la parada del desarrollo temporal. Por lo tanto, para no hacer esperar tanto a los fans, decidieron publicar un acceso anticipado, diciendo gracias por la espera y que tienen lo que se merecen. El modo campaña está completo al 85% y aún no hay fecha prevista para el lanzamiento definitivo.

Se reconoce a Black Mesa como un juego independiente y no como una modificación de Half-Life 2.